Реконструкция эволюции белков семейства танкираз



Скачать 146.61 Kb.
Дата15.11.2016
Размер146.61 Kb.
Реконструкция эволюции белков семейства танкираз
Перцовская И.

Тьютор: Куимов А. Н.


Изучали первичную структуру танкираз Homo sapiens (танкираза 1 и 2), Gallus gallus (танкираза 1 и 2), Mus musculus (танкираза 1 и 2), Caenorhabditis elegans, Anopheles gambiae, Drosophila melanogaster, Dictyostelium discoideum. Найдены белки семейства PARP Homo sapiens и Dictyostelium discoideum. Сравнение доменных структур танкираз позволяет оценить сходство общего плана строения гомологов. Cделано выравнивание аминокислотной последовательности PARP-домена танкиразы. Построено филогенетическое древо. Показано, что танкираза 2 хордовых ближе к предшественникам, чем танкираза 1. Гомологи Dictiostelum и Caenorhabditis сильно отличаются от других белков в связи со своей архаичностью. Ортологи танкиразы гомологичнее между собой, чем паралоги. Обсуждается происхождение и эволюция танкиразы у животных.

Введение

Танкираза – полипептид, впервые обнаруженный в 1998 г. с помощью двугибридного дрожжевого скрининга как фермент, связанный с TRF1, одним из компонентов теломерного комплекса. Показана энзиматическая активность танкиразы, заключающаяся в поли-ADP-рибозилировании белка-субстрата с участием NAD+. В настоящее время танкиразу считают сигнальной молекулой, локализованной в нескольких клеточных компартментах и участвующей в процессе старения клеток.

Был клонирован еще один фермент сходной структуры и активности, получивший название TNKL (tankyrase-like protein) или танкираза 2 (Swissprot Q9H2K2). Ген tnkl, называемый также tnks2 или tank2, находится на хромосоме 10, в то время как танкираза 1, как теперь называют изофермент, открытый первым, кодируется геном на хромосоме 8. Танкираза 2 также неоднократно наблюдалась в различных мембранных субклеточных структурах и может быть ассоциирована с теломерным белком in vitro. Она ADP-рибозилирует себя и TRF1.

Опубликованы данные о регуляции танкиразы 1 инсулином и факторами роста через сигнальный путь Ras-MAPK, не подтвержденные пока в других лабораториях. Возможна ли подобная регуляция в отношении танкиразы 2, неизвестно.

Танкираза человека состоит из трех типов доменов: анкиринового, SAM и PARP. Анкириновые повторы (ankyrin repeats) – повторяющиеся участки первичной структуры многих белков, состоящие из 33 аминокислотных остатков. Они часто участвуют в белок-белковом взаимодействии. У танкиразы этот домен связывается с субстратом, то есть TRF1.

SAM-домен – это эволюционно консервативный домен, который участвует в регуляции ряда биологических процессов у многих эукариот. Он состоит примерно из 70 а. о. SAM-домен способен к гомо- и гетероолигомеризации, а также является посредником белок-белковых взаимодействий. Благодаря SAM-домену танкираза образует олигомеры, работающие как одна функциональная единица.

У некоторых танкираз место SAM-домена занимает PARP-регуляторный домен (PARP reg), который функционально связан с PARP-доменом, гомологичным каталитическому домену NAD+ ADP-рибозилтрансферазы. Вместе с PARP-каталитическим доменом он участвует в модификации некоторых ядерных белков, в частности, регулирующих молекулярные процессы, предохраняющие ДНК от повреждения.

Среди множества еще не изученных белков, кодируемых геномом человека, танкираза привлекает внимание исследователей по целому ряду причин. Во-первых, судя по ее влиянию на теломерные белки и изменениям в опухолевых клетках, предполагают, что этот фермент имеет какое-то отношение к регуляции смертности и, возможно, старения, которого не наблюдается у клеток опухолей. Факты клонирования танкиразы-2 из опухолей при помощи аутологичных антител могут также быть истолкованы как указание на возможное применение этого белка в качестве опухолевого маркера или мишени для антиопухолевой терапии. Изучение механизмов передачи внутриклеточных сигналов, в которых участвует танкираза, может вскрыть новые регуляторные пути, опосредующие влияние инсулина и факторов роста на теломеры.

До сих пор изучалась только танкираза человека. Поиск ее гомологов у других организмов и их сравнение необходимо для обнаружения консервативных участков в последовательности белков. После обнаружения всех гомологов и анализа аминокислотных выравниваний составлено филогенетическое древо, позволившее проанализировать расстояния между паралогами и ортологами. Изучение гомологов танкиразы у животных позволит выбрать модельные организмы для дальнейших исследований. Кроме того, сравнение танкираз разных животных позволяет судить о ходе ее эволюции.

Материалы и методы



Поиск гомологий. Гомологи танкиразы человека (AC в GenBank NP_079511, Swissprot Q9H2K2) искали в базе данных Genbank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi) по ключевым словам tankyrase, ankyrine и parp, а также с помощью программы Blast (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/) и CDD (Conserved Domain Database and Search, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml). Доменные структуры белков определили с помощью программного обеспечения CDD.

Выравнивание и филогенетическое древо. Выравнивание производили с помощью программ AliBee - Multiple Alignment (http://www.genebee.msu.su/services/malign_reduced.html) и BCM Search Launcher (http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/). Филогенетическое древо построили с помощью программного обеспечения AliBee по общему белковому выравниванию PARP-домена.
Результаты
Поиск гомологов танкиразы человека

Произведен поиск всех гомологов танкиразы человека. Белки семейства танкираз найдены у эукариот, начиная от Mycetozoa (Dictyostelium discoideum) и заканчивая высшими позвоночными и человеком (Dictyostelium discoideum, Caenorhabditis elegans, Anopheles gambiae, Drosophila melanogaster, Mus musculus, Gallus gallus, Homo sapiens и др.). Гомологи танкиразы не найдены у прокариот и растений. Все обнаруженные гомологи и их доменные структуры представлены на рис.1.

Для идентификации гомологов использовали общность доменной организации всех танкираз. Принцип организации доменных структур сходен у всех найденных белков. Последовательности танкираз всегда содержат несколько анкириновых повторов и PARP-домен. Между ними находится еще один домен, у относительно примитивных организмов (Dictyostelium и Caenorhabditis) - PARP-регуляторный домен, а у более высоко организованных - SAM-домен. Эти две группы отличаются не только по набору доменов, но и по длине аминокислотных последовательностей. Если для первой группы она составляет 2200-2600 а.о., то для второй – 950-1200 а.о.

При исследовании семейства PARP у D.discoideum обнаружено 5 белков. (cм. рис. 3). Произведенные выравнивания показывают наибольшее сходство между танкиразой и PARP-1А – 47%. Этот показатель для остальных PARP белков на несколько процентов ниже (например, для PARP-4 – 44,6%) . У H. sapiens семейство PARP белков содержит 8 белков, включая 2 танкиразы, что примерно в 2 раза больше, чем у D.discoideum. В геномах беспозвоночных выявлено по одному гомологу, в то время как у позвоночных найдено по два паралога, называемых танкиразами 1 и 2. Таким образом, в филогенезе танкиразы можно указать на три главных эволюционных события:

1) появление танкиразы

2) приобретение SAM-домена

3) удвоение танкиразы у хордовых.

Найденные белки позволяют судить об общей картине эволюции танкираз у животных, так как принадлежат организмам разного уровня организации.



Анализ аминокислотных выравниваний

При анализе семейства произведено несколько выравниваний PARP-домена. PARP-домен встречается у всех гомологов, то есть является наиболее консервативной частью последовательности, так как во многом определяет функции самого белка. Поэтому именно эта часть аминокислотной последовательности использовалась для составления выравнивания и построения филогенетического древа.

При общем выравнивании всех гомологов определена степень их сходства, равная 35,3%. Участок наиболее близкой гомологии показан на рис.2. По общему выравниванию составлено филогенетическое древо (рис.5), отражающие эволюционные связи между гомологами: наиболее далекие гомологи танкиразы человека – танкиразы Dictyostelum и Caenorhabditis; танкираза 2 хордовых ближе к танкиразе беспозвоночных; ортологи позвоночных гомологичнее друг другу, чем своим паралогам; гомологи насекомых Anopheles и Drosophila близки друг другу.

Результаты анализа филогенетического дерева подтверждаются произведенными попарными выравниваниями. Сходство при выравнивании танкираз Dictyostelium и Caenorhabditis - 35.4%, а Anopheles и Drosophila – 93.3%.

Множество произведенных выравниваний танкираз хордовых показывают большую степень гомологии (от 84 до 100 %). 100% гомология выравнивания ортологов танкиразы 1 показывает эволюционную консервативность этих гомологов. В то же время для танкиразы 2 этот показатель равен 87,3%, то есть степень ее изменчивости гораздо выше, что говорит о ее эволюционной нестабильности. Результаты разнообразных выравниваний гомологов у хордовых приведены в таблице 1.
Таблица 1. Сравнение гомологов танкиразы у хордовых


Выравнивания

(в скобках указаны гомологи, использованные в данном выравнивании).



Гомология, %%

Общее выравнивание гомологов у хордовых

(M. musculus, G. gallus, H. sapiens tnks1 и tnks2)



92,6

Попарные выравнивания паралогов у хордовых

Mus musculus

(M. musculus tnks1 и M. musculus tnks2)



97,5

Gallus gallus

(G. gallus tnks1 и G. gallus tnks2)



84,1

Homo sapiens

(H. sapiens tnks1 и H. sapiens tnks2)



90,4

Выравнивания ортологов у хордовых

Танкираза 1

(M. musculus, G. gallus, H. sapiens tnks1)



100

Танкираза 2

(M. musculus, G. gallus, H. sapiens tnks2)



87,3


Обсуждение

Белки семейства танкираз были найдены у представителей многих групп животных, что позволяет предположить о наличии их у большинства или у всех животных, но не у растений и прокариот. Ранее изучалась в основном танкираза человека, в то время как исследование других белков данного семейства могло бы расширить знания о функциях и строении танкираз. Данная работа может помочь охарактеризовать степень изменчивости этого белка.

Предполагается, что танкираза появилась у примитивных животных. Возможный путь появления нового белка – рекомбинация ДНК. Предполагается, что на раннем этапе эволюции животного царства из существующих белков, содержащих анкириновые повторы и PARP-домен, путем слияния кодирующих их генов, произошла танкираза (см. схему ниже). Исследование семейства PARP-белков D.discoidium показывает высокую степень сходства PARP-1А (47%) и танкиразы. Возможно, что PARP-1А была одним из предшественников танкиразы или, во всяком случае, у них был общий ген-предок.

Доменная структура танкираз сравнительно консервативна. На протяжении всей эволюции в ней происходит только два важных эволюционных изменения. Первое из них - замена PARP-регуляторного SAM-доменом (см. схему ниже). Причина этого события еще не выяснена. Возможно, произошла вставка экзона, содержащего SAM-домена, из другого гена или вирусной ДНК. Одновременно уменьшается длина аминокислотной последовательности почти в два раза, что может быть связано с делецией части гена в результате повреждения некоторых экзонов.



Следующее важное событие – удвоение танкираз у позвоночных (см. схему ниже). По-видимому, оно произошло в результате удвоения генома в эволюции хордовых. Образовавшиеся паралоги танкиразы оказались функционально целесообразны и закрепились в эволюции.



В результате выравнивания PARP-домена всех представителей семейства степень сходства оказалось сравнительно низкой и составила 35.3%. По-видимому, это связано с разнообразием таксонов, белки которых использовались в исследовании.

В то же время при изучении танкираз хордовых степень сходства гораздо выше (для общего выравнивания 92,6%), то есть близкие гомологи обнаруживают эволюционную консервативность. Исследования de Rycker et al.(2003) также указывают на высокую гомологичность танкираз позвоночных.

В статье de Rycker et al.(2003) высказывается предположение о происхождении танкираз насекомых и танкираз позвоночных независимо от общего предка. Из филогенетического древа (рис ) видно, что танкиразы 2 позвоночных близки к гомологам беспозвоночных. Все танкиразы 1 находятся на большом расстоянии как от танкиразы 2, так и от гомологов беспозвоночных. Ортологи танкиразы 1 и 2 хордовых очень близки друг к другу, в то время как паралоги находятся на большом расстоянии друг от друга.

Последовательности Dictyostelium и Caenorhabditis далеки друг от друга (гомология всего 35,4%), что объясняется тем, что они принадлежат к разным царствам. Однако их доменные структуры и длины последовательностей сходны, что говорит об эволюционной консервативности на протяжении многих миллионов лет эволюции. В то же время они очень далеко отстоят от других гомологов, что еще раз, наряду с разницей в доменной структуре, указывает на эволюционную архаичность этих организмов.

Филогенетическое древо по белкам семейства танкираз, показанное на рис. 5, в общем отражает эволюционные отношения тех организмов, к которым они принадлежат. Дальнейшее изучение гомологов танкиразы человека позволит точнее оценить ее эволюционные изменения и сделать новые выводы об изменчивости танкираз и их функциональном развитии.


Библиография

  1. De Rycker M, Venkatesan RN, Wei C, Price CM. Vertebrate tankyrase domain structure and sterile alpha motif (SAM)-mediated multimerization. Biochem J. 2003 May 15;372(Pt 1):87-96.

  2. Куимов А. Н. Дополнительная информация к задаче «Реконструкция эволюции белков семейства танкираз».

  3. Куимов А. Н. Белковые компоненты теломерного нуклеопротеидного комплекса. Биохимия 2004, в печати.


Подписи к рисункам
1. Сравнение доменных структур танкираз разных видов животных

На рисунке указаны названия видов и номера последовательностей в базе данных GenBank. Числовыми прямыми схематически представлены последовательности и их длина в аминокислотных остатках. Ниже показаны домены и их расположение в последовательности. В доменных структурах всех танкираз обязательно присутствуют анкириновый и PARP домены. Все последовательности имеют разную длину, но общий набор и взаимное расположение доменов одинаковы у всех гомологов, кроме C.elegans и D.discoideum (у них отсутствует SAM домен, характерный для всех остальных гомологов, на месте которого обнаружен PARP-регуляторный домен).



2. Общее выравнивание PARP домена

Представлено белковое выравнивание PARP домена с участием всех найденных последовательностей танкираз. Звездочками сверху обозначены консервативные позиции, а крестиками родственные (чередуются два а. о.) Показан участок самой близкой гомологии.



3.Семейство PARP белков Dictyostelium discoideum

Представлены все найденные белки D. discoideum, содержащие PARP-домен. Найдено 5 таких белков, включая танкиразу. Произведенные выравнивания указывают, что наиболее сходен с танкиразой PARP-1a. Обозначения описаны в подписи к рис.1



4. Семейство PARP белков Homo sapiens

У человека найдено 8 белков, содержащих PARP домен, два из которых танкиразы. Обозначения описаны в подписи к рис.1



5. Филогенетическое древо

На схеме длина линий условно показывает расстояние между генами. Видно, что танкиразы C. elegans и D. discoideum мало гомологичны друг другу и не сходны с остальными гомологами. Ортологи танкиразы 2 хордовых близки к белкам-предшественникам (Drosophila и Anopheles). В то же время их паралоги (танкиразы 1 у тех же организмов), близкие между собой, менее сходны с танкиразами комара и дрозофилы.




1. Сравнение доменных структур танкираз
Dictyostelium discoideum CAD59239


2144



2536

2300

Ankyrin repeats


PARP-reg

0

PARP



C
2276

2000

1876

0
aenorhabditis elegans
AAN40683

PARP


Ankyrin repeats


PARP-reg

A

887

1171

1000
nopheles gambiae
EAA01120


0




SAM

Ankyrin repeats

PARP





Drosophila melanogaster NP_651410

0

887

1000

1181

Ankyrin repeats

PARP



SAM



SAM

Ankyrin repeats


SAM

976

790

678

0

1000

1166

876

Gallus gallus


SAM

0

969

1025

1266

Ankyrin repeats


SAM

0

878

935

1167

0

Ankyrin repeats


SAM

SAM


AAN41651.1 tankyrase 1

Ankyrin repeats


PARP



AAN41650.1 tankyrase 2




PARP


Mus musculus

0


NP_780300 tankyrase 1

Ankyrin repeats

PARP



PARP



XP_129246tankyrase 2

Homo sapiens


Ankyrin repeats


1028

1140

1327

PARP



NP_003738 tankyrase 1


0


1000

877

1166

PARP



NP_079511 tankyrase 2

2. Белковое выравнивание всех гомологов.
*** .** ++*++*+++*+.**+*******++* .+*+++**

Dictyostelium ( 31) ERFqAHK---------------------------NLKNHFLLWHGSLTTNYLSILSQGLK

Caenorhabditis(180) Q-W-IHNsggkqakvkmileispmlSTEKFEPFVNDDNQKFLWHGTKATNLMSILKNGFL

Anopheles ( 27) ERY-VHR------------------RQEISEENGHQASERMLFHGSPFIN—AIVQKGF-

Drosophila ( 37) ERY-AHR------------------RQEIAEENFLQSNERMLFHGSPFIN—AIVQRGF-

Mus tnks1 ( 69) ERF-CHR------------------QKEVSEENHNHHNERMLFHGSPFIN—AIIHKGF-

Mus tnks2 ( 39) ERF-CHR------------------QKEVSEENHNHHNERMLFHGSPFIN—AIIHKGF-

Gallus tnks1 ( 69) ERF-CHR------------------QKEVSEENHNHHNERMLFHGSPFIN—AIIHKGF-

Gallus tnks2 ( 36) ERY-THR------------------RKEVSEENHNHANERMLFHGSPFVN—AIIHKGF-

Homo tnks1 (110) ERF-CHR------------------QKEVSEENHNHHNERMLFHGSPFIN—AIIHKGF-

Homo tnks2 ( 35) ERY-THR------------------RKEVSEENHNHANERMLFHGSPFVN—AIIHKGF-
.*++***+.*+***+******+++**++*+*++***+* **+* **+** *+**++

Dictyostelium ( 64) IAPPEAPVTGYMFGKGIYFSDMFRKSINY-------------CGSW---DSSS---ANSF

Caenorhabditis(238) IDPPSACKNGNLFGSGIYLADSFEKSTHYCQPSAGGINymlvCQTAlgKVRTLdTIPYHY

Anopheles ( 65) –DERHAYI-GGMFGAGIYFAEHSSKSNQYVYGIGGGIG----CPTH—KDKSC-YQCHRQ

Drosophila ( 75) –DERHAYI-GGMFGAGIYFAEHSSKSNQYVYGIGGGIG----CPSH—KDKSC-YVCPRQ

Mus tnks1 (107) –DERHAYI-GGMFGAGIYFAENSSKSNQYVYGIGGGTG----CPTH—KDRSC-YICHRQ

Mus tnks2 ( 77) –DERHAYI-GGMFGAGIYFAENSSKSNQYVYGIGGGTG----CPTH—KDRSC-YICHRQ

Gallus tnks1 (107) –DERHAYI-GGMFGAGIYFAENSSKSNQYVYGIGGGTG----CPTH—KDRSC-YICHRQ

Gallus tnks2 ( 74) –DERHAYI-GGMFGAGIYFAENSSKSNQYVYGIGGGTG----CPIH—KDRSC-YVCHRQ

Homo tnks1 (148) –DERHAYI-GGMFGAGIYFAENSSKSNQYVYGIGGGTG----CPTH—KDRSC-YICHRQ

Homo tnks2 ( 73) –DERHAYI-GGMFGAGIYFAENSSKSNQYVYGIGGGTG----CPVH—KDRSC-YICHRQ
+++*++++** +*+**+++*++*+* *** .. … . . *+*. *

Dictyostelium (105) LLLSEVALGT---MKEFKSAHYMESPeTGTNSTKGVG-KTGP-NFDDSIIlnnGvaipls

Caenorhabditis(298) MNQSSSSAEKyeDTLHYIGDRF---P-AGSLTNDGVGmPLLPlRKRDPIQ---G------

Anopheles (116) LLLCRVALGK—SFLQFSAMKMAHAP-PGH----------------HSVI---G------

Drosophila (126) LLLCRVALGK—SFLQYSAMKMAHAP-PGH----------------HSVV---G------

Mus tnks1 (158) MLFCRVTLGK—SFLQFSTMKMAHAP-PGH----------------HSVI---G------

Mus tnks2 (128) MLFCRVTLGK—SFLQFSTMKMAHAP-PGH----------------HSVI---G------

Gallus tnks1 (158) MLFCRVTLGK—SFLQFSTMKMAHAP-PGH----------------HSVI---G------

Gallus tnks2 (125) LLFCRVTLGK—SFLQFSAMKMAHSP-PGH----------------HSVT---G------

Homo tnks1 (199) MLFCRVTLGK—SFLQFSTMKMAHAP-PGH----------------HSVI---G------

Homo tnks2 (124) LLFCRVTLGK—SFLQFSAMKMAHSP-PGH----------------HSVT---G------
+* +++* *.++*****++++.+*+*+++*++.+++…..........

Dictyostelium (160) PPeQVKGdtsdyHLEMNEYIVYDVSQIRMRYLVEVS------------------

Caenorhabditis(345) SN-YGFG-----TLDFSEYIVRNPNRVLPKYIVMYK------------------

Anopheles (148) RP-SAGG------LHFPEYVVYRGEQAYPEYLITYQIAKPDD---GANGEEPAR

Drosophila (158) RP-SAGG------LHFAEYVVYRGEQSYPEYLITYQIVKPDD---SSSGTEDTR

Mus tnks1 (190) RP-SVNG------LAYAEYVIYRGEQAYPEYLITYQIMKPEAPSQTATAA----

Mus tnks2 (160) RP-SVNG------LAYAEYVIYRGEQAYPEYLITYQIMKPEAPSQTATAAEQKT

Gallus tnks1 (190) RP-SVNG------LAYAEYVIYRGEQAYPEYLITYQIVKPEAPSQTGTAA----

Gallus tnks2 (157) RP-SVNG------LALAEYVIYRGE-----------------------------

Homo tnks1 (231) RP-SVNG------LAYAEYVIYRGEQAYPEYLITYQIMKPEAPSQTATAAEQKT

Homo tnks2 (156) RP-SVNG------LALAEYVIYRGEQAYPEYLITYQIMRPEGMVDG--------


3. Семейство PARP белков Dictyostelium discoideum





AAB35556 PARP-1B

CAD59239tankyrase

CAD59237 PARP-1A

CAD58666 PARP-2

CAD59240 PARP-4

4. Семейство PARP белков Homo sapiens


BAA11494 VPARP




vwa

VIT

PARP

BRCT


AAM95460 PARP-3



COG3831

PARP-reg

PARP

AAH37545 PARP-1

Zn-fingers PARP

PARP-reg

PARP



NP_005475 PARP-2

NP_056323 PARP

NP_079511tankyrase2

NP_003738tankyrase1

PARP-reg

PARP

WWE

PARP

Ankyrin repeats

SAM

PARP

Ankyrin repeats

SAM

PARP

WGR








База данных защищена авторским правом ©bezogr.ru 2016
обратиться к администрации

    Главная страница