Молекулярно-генетический анализ тапеторетинальной абиотрофии в республике башкортостан 03. 00. 15 генетика



Скачать 292.82 Kb.
Дата07.05.2016
Размер292.82 Kb.


Представлены сведения о предстоящей защите диссертации



Гринберг Эльвира Римовна

«Молекулярно-генетический анализ тапеторенальной абиотрофии в республике Башкортостан»

03.00.15 – генетика

медицинские науки

Д.001.016.01

ГУ Медико-генетический научный центр РАМН

115478, Москва, ул. Москворечье, 1, МГНЦ РАМН,

e-mail: genreprlab@mtu-net.ru

представлена на сайте МГНЦ РАМН – 11.04.2007

Предполагаемая дата защиты диссертации – 15.05.2007

(автореферат должна прислать…



На правах рукописи

Гринберг Эльвира Римовна




Молекулярно-генетический анализ тапеторетинальной абиотрофии В РЕСПУБЛИКЕ БАШКОРТОСТАН

03.00.15 – генетика


АВТОРЕФЕРАТ

на соискание ученой степени

кандидата медицинских наук

Москва 2007

Работа выполнена в лаборатории молекулярной генетики человека Института биохимии и генетики Уфимского научного центра Российской академии наук

Научный руководитель: доктор биологических наук, профессор

Хуснутдинова Эльза Камилевна


Официальные оппоненты: доктор биологических наук, профессор

Поляков Александр Владимирович

кандидат медицинских наук, доцент

Прытков Александр Николаевич


Ведущая организация: ГОУ ВПО Российский Государственный

Медицинский Университет Росздрава

Защита состоится "______" _______________2007г. в _________часов

На заседании Диссертационного совета Д 001.016.01 при ГУ Медико-генетическом научном центре РАМН по адресу: Москва, 115478, ул. Москворечье, д. 1.


С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ГУ МГНЦ РАМН
Автореферат разослан "______" _______________2007г.

Ученый секретарь диссертационного совета



Доктор биологических наук, профессор Л.Ф. Курило

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы. Тапеторетинальная абиотрофия (ТРА) - наследственное заболевание с первичным диффузным поражением фоторецепторов и пигментного эпителия сетчатки, при котором отмечаются характерные функциональные изменения и типичная картина глазного дна с пигментными костными тельцами. ТРА – наиболее распространенное заболевание из всех дистрофий сетчатки, выявляемое с частотой 1:4000 населения (Hamel C. et al., 2006). Типы наследования ТРА разнообразны и их частота существенно различается в разных популяциях: рецессивная форма, в среднем, встречается с частотой 20-35%, доминантная – с частотой 9-43% и сцепленная с полом – с частотой 8-45%. Высока частота спорадических форм ТРА – 23-48% (Rivolta C. et al., 2002). В настоящее время установлено, что разнообразие клинически форм ТРА обусловлено различными мутациями в генах, кодирующих белки каскада фототрансдукции, зрительного цикла, цитоскелета фоторецепторов и пигментного эпителия сетчатки. Наиболее частой причиной возникновения ТРА являются мутации в генах родопсина (RHO), трансретинальацетилазы (RPE65) и периферина (RDS/PRPH2) (Phelan J.K. et al., 2000; Maubaret C., Hamel C., 2005). Мутации в гене родопсина обуславливают развитие 25-30% всех случаев аутосомно-доминантных форм ТРА. Мутации в гене RPE65, ответственны за 2% всех случаев ТРА, 6-12% всех аутосомно-рецессивных ТРА (Gu S. et al., 1997; Rivolta C. et al., 2002) и 16% случаев возникновения амавроза Лебера (Morimura H. et al., 1998). Мутации в гене RDS/PRPH2 являются причиной 5-10% случаев аутосомно–доминантной формы ТРА (Sohocki M. et al., 2001; McNally N. et al., 2002). Высокий удельный вес тапеторетинальной абиотрофии среди наследственных дегенераций сетчатки, инвалидизирующее течение и отсутствие эффективных терапевтических методов ставят проблему изучения этого заболевания и проведения профилактических мероприятий, направленных на предотвращение возникновения повторных случаев заболевания в отягощенных семьях, в число первостепенных и социально-значимых. Для проведения эффективной целенаправленной профилактики необходимо выяснение популяционно-географических закономерностей распространения заболевания. В последние годы идет интенсивное накопление знаний о дегенерациях сетчатки, расширяются возможности проведения дополнительных методов исследования, разрабатываются методы ДНК-диагностики, поэтому в настоящее время особый интерес представляет молекулярно-генетическое исследование ТРА, направленное на выявление первичного генетического дефекта заболевания, что позволит в будущем проводить дифференциальную, пресимптоматическую и пренатальную диагностику ТРА.

Цель и задачи исследования. Целью исследования является изучение распространенности тапеторетинальной абиотрофии и анализ генов родопсина (RHO), трансретинальацетилазы (RPE65) и периферина (RDS/PRPH2) у больных с тапеторетинальной абиотрофией и в контрольной группе из Республики Башкортостан.

В соответствии с целью исследования были поставлены следующие задачи:



  1. оценить распространенность тапеторетинальной абиотрофии в Республике Башкортостан;

  2. провести поиск мутаций и полиморфных вариантов гена родопсина (RHO) у больных с ТРА из Республики Башкортостан;

  3. провести поиск мутаций и полиморфных вариантов гена трансретинальацетилазы (RPE65) у больных с ТРА из Республики Башкортостан;

  4. провести поиск мутаций и полиморфных вариантов гена периферина (RDS/PRPH2) у больных с ТРА из Республики Башкортостан;

  5. создать национальный компьютерный регистр «Тапеторетинальная абиотрофия» в Республике Башкортостан.

Научная новизна. Впервые получены данные по распространенности ТРА в Республике Башкортостан, которая составила 21 на 105 населения, что сопоставимо с уровнем распространенности в европейских популяциях. Проведенный впервые анализ мутаций генов родопсина (RHO), трансретинальацетилазы (RPE65) и периферина (RDS) у больных ТРА из РБ позволил установить, что к диагностически значимым мутациям, приводящим к развитию ТРА у больных из РБ, относятся P347L, R252P в гене RHO и R91W, 927delС в гене RPE65. Впервые обнаружены две новые мутации R252P в гене RHO и 927delС в гене RPE65 у 3 членов одной семьи с ТРА. Впервые у больных ТРА и в контрольной группе здоровых индивидов из РБ установлены различия в характере распределения частот генотипов по полиморфным локусам 910C>G(Q304E), 929G>A(R310K), 1013A>G(D338G) и 1054C>T гена периферина (RDS/PRPH2).

Научно-практическая значимость. Полученные данные представляют практический интерес для понимания молекулярно-генетических механизмов возникновения ТРА и позволяют предложить новые направления в разработке подходов для ДНК-диагностики ТРА. Результаты исследования могут быть использованы при чтении спецкурсов в медицинских ВУЗах и на курсах повышения квалификации медицинских работников. Национальный автоматизированный регистр «Тапеторетинальная абиотрофия» в РБ обеспечивает эпидемиологический мониторинг заболевания и оптимизацию лечебно-диагностической и диспансерной работы офтальмологов.

Положения, выносимые на защиту:

  1. Распространенность ТРА в Республике Башкортостан сопоставима с показателями распространенности ТРА в странах Европы.

  2. В гене RHO идентифицировано две мутации: P347L, новая мутация R252P и два изменения нуклеотидной последовательности у больных ТРА из Республики Башкортостан.

  3. Существуют статистически значимые различия в характере распределения частот аллелей и генотипов IVS3+4c>t гена родопсина (RHO) у больных с ТРА и в контрольной группе здоровых индивидов из Республики Башкортостан.

  4. В гене RPE65 идентифицировано две мутации: R91W, новая мутация 927delС и один полиморфизм у больных ТРА из Республики Башкортостан.

  5. Существуют статистически значимые различия в характере распределения частот генотипов по полиморфным локусам 910C>G(Q304E), 929G>A(R310K), 1013A>G(D338G) и 1054C>T гена периферина (RDS/PRPH2) у больных с ТРА и в контрольной группе здоровых индивидов из Республики Башкортостан.

Апробация работы. Результаты исследования были представлены на Ежегодных конференциях Европейского общества генетики человека (ESHG) в 2005 (г. Прага, Чехия), 2006 (г. Амстердам, Нидерланды); Пятом (V) съезде Российского общества медицинских генетиков в 2005 (г. Уфа); Всероссийской научно-практической конференции «Вопросы офтальмогенетики» в 2005 (г. Москва); 10-й Пущинской школы-конференции молодых ученых в 2006 (г. Пущино); 9-й Всероссийской медико-биологической конференции молодых исследователей в 2006 (г. Санкт-Петербург); Международной конференции «Генетика в России и мире», посвященной 40-летию Института общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН в 2006 (г. Москва); 7-ом Балканском съезде по генетике человека (BMHG) в 2006 (г. Скопье, Македония); Ежегодной конференции Европейского общества по исследованию зрения и глаз (EVER) в 2006 (г. Виламура, Португалия).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 13 работ.


Структура и объем диссертации. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, результатов исследования и обсуждения, заключения, выводов и списка литературы. Работа изложена на 190 страницах машинописного текста, содержит 17 таблиц и 75 рисунков. Список литературы включает 224 источника.
Материалы и методы

Общая характеристика выборки больных и контрольной группы.

Для проведения эпидемиологических исследований использована база данных по больным, состоящим на учете в ГУ Уфимском научно-исследовательском институте глазных болезней АНРБ с клиническим диагнозом тапеторетинальная абиотрофия и материалы ежегодных отчетов офтальмологической службы РБ за 2001 – 2005 гг., предоставляемых ЦРБ и ЛПУ г. Уфы в распоряжение Медико-информационного аналитического центра МЗ РБ.

Молекулярно-генетический анализ проведен для 123 неродственных больных (62 женщины и 61 мужчина), а также членов их семей (всего 180 человек). Забор крови больных осуществляли на базе ГУ Уфимского научно-исследовательского института глазных болезней АНРБ, ГОУ Уфимской коррекционной специализированной школы-интерната для детей с нарушениями зрения №28 г. Уфы и в ходе экспедиционных выездов в районы РБ. Клиническая картина обследованных больных: 120 неродственных больных с диагнозом ТРА на разных стадиях заболевания (периферическая и смешанная формы) и 3 неродственных больных с диагнозом амавроз Лебера. По возрасту манифестации заболевания больные разделились на три группы: первая группа – пациенты, первые признаки заболевания у которых появились в I декаде жизни (43,6%), вторая группа – пациенты с манифестацией заболевания во II декаде (36,3%), третья группа - пациенты, первые признаки заболевания у которых появились в III декаде и позже (20,1%). По этническому составу больные распределились следующим образом: 37 русских, 32 татар, 26 башкир, по 1 представителю удмуртской, украинской, таджикской, узбекской, табасаранской, еврейской национальностей, 2 представителя чувашской, 4 представителя марийской национальностей и 16 метисов от межнациональных браков вышеперечисленных этносов. Контрольная группа состояла из образцов ДНК 133 неродственных клинически здоровых индивидов, сопоставимых по полу, возрасту и этнической принадлежности с обследуемой группой (все индивиды из группы контроля были обследованы в ГУ УфНИИГБ АНРБ). Для сравнения по этнической принадлежности были выбраны представители трех основных этнических групп – русских (50 человек), татар (50 человек) и башкир (50 человек), – проживающих на территории РБ.
Методы исследования.

Выделение геномной ДНК проводили методом последовательной фенольно-хлороформной экстракции из цельной венозной крови (Mathew C.C., 1984).

Для поиска мутаций в генах RHO, RDS/PRPH2 и RPE65 были использованы оригинальные пары олигопраймеров, фланкирующих кодирующие области этих генов, сайты сплайсинга и прилегающие интронные области (Dryja T. P. et al., 1991; Morimura H. et al., 1998; Van Lith-Verhoeven J.C. et al., 2003). Праймеры для 5 экзона гена RHO и 4 экзона гена RPE65 были подобраны с помощью приложения PrimerSelect 5.05 из пакета программ DNAStar Inc (1993-2002).

Поиск мутаций и полиморфных вариантов генов RHO, RDS/PRPH2 и RPE65 осуществляли методом SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism) (Orita et al., 1989). Денатурацию амплифицируемых фрагментов ДНК проводили стандартным щелочным методом. Фрагменты с измененной электрофоретической подвижностью, обнаруженные при помощи SSCP-анализа подвергались секвенированию на автоматическом секвенаторе ABI Prism модель 310 (Applied Biosystems, USA) согласно протоколу фирмы производителя. Анализ результатов секвенирования проводили при помощи приложения BioEdit v.5.0.9 (1997-2001), MegAlign из пакета программ DNAStar Inc. (1993-2002). Оценку влияния выявленных замен на вероятность возникновения/потери сайтов сплайсинга проводили при помощи программы Splice Prediction using Consensus Sequences (WebGene): http://www.itba.mi.cnr.it/webgene.

ПДРФ-анализ был использован для подтверждения наличия нуклеотидных замен у пробандов, их кровных родственников и в группе контроля, а также для поиска мутаций в «горячих точках» гена RHO. Использованные рестрицирующие эндонуклеазы и соответствующие буферные растворы произведены фирмой НПО «Fermentas» (Латвия). Рестрикционный анализ проводился согласно протоколам фирмы-производителя. Подбор рестрицирующих эндонуклеаз, узнающих определенную нуклеотидную последовательность, проводили с помощью приложения MapDraw из пакета программ DNAStar Inc (1993-2002) и WebCutter 2.0 (http://www.firstmarket.com/cutter/cut2.html).

Математическую обработку результатов исследования проводили с помощью пакета программ статистического анализа Primer of Biostatistics v.4.03 (Glantz A., 1998). Для выявления случаев накопления ТРА в различных районах Республики Башкортостан использовано F-распределение (Животовский Л.А., 1991). Карта территориальной распространенности ТРА в РБ построена с помощью пакета программ ArcView GIS v. 3.0 [http://www.esri.com].


РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

  1. Распространенность тапеторетинальной абиотрофии в Республике Башкортостан

На 1 января 2007 года в республике было зарегистрировано 858 пациентов с ТРА (449 женщин и 409 мужчин), что определило уровень распространенности заболевания 21 на 105 населения. Проведенное исследование выявило неравномерный характер распространения ТРА на территории РБ – от 0 до 30 на 105 населения (рис.1). Заболевание зарегистрировано в 48 из 54 административных районов и в 18 из 21 города РБ. Выявлены районы с высокими показателями распространенности ТРА (более 25 на 105 населения): Бурзянский, Балтачевский, Аургазинский, Благовещенский, Чекмагушевский и Бирский. При статистическом анализе показателей распространенности тапеторетинальной абиотрофии, достоверных случаев накопления ТРА в отдельных районах Республики Башкортостан установлено не было.



км

Распространенность ТРА

на 100 000 населения

Рисунок 1. Распространенность тапеторетинальной абиотрофии на территории Республики Башкортостан.



  1. Поиск мутаций в гене родопсина RHO у больных с тапеторетинальной абиотрофией из Республики Башкортостан

Проведен скрининг мутаций в кодирующих областях, сайтах сплайсинга и прилегающих интронных областях гена RHO (5 экзонов) методом SSCP-анализа у 123 неродственных пациентов с диагнозом ТРА, а также членов их семей из РБ. В гене родопсина выявлено две мутации. Одна из них – P347L является наиболее частой мутацией гена RHO, которая существует в 6 вариантах: P347L, P347T, P347A, P347S, P347Q, P347R. Данная мутация вызывает одну из тяжелых форм ТРА с быстро прогрессирующим течением (Dryja T. P. et al., 1990). Мутация P347L была обнаружена в гетерозиготном состоянии у одной больной русской этнической принадлежности и ее матери (диагноз – ТРА, смешанная форма). Клиническая картина заболевания у больных с данной мутацией из РБ не отличается от случаев, описанных в литературе. Мутация P347L достаточно часто выявляется среди больных c аутосомно-доминантной формой ТРА в различных популяциях, так, в США она встречается с частотой 3,6% (Galy A. et al., 2005). Частота всех мутаций в положении 347 белка у больных аутосомно-доминантной формой ТРА в США – 3-8% (Zhang X.L. et al., 2005, 2006). В связи с высокой частотой мутаций в кодоне 347, а также наличием сайта для рестриктазы MspI, который теряется при этих мутациях, был дополнительно проведен рестрикционный анализ 5 экзона гена RHO, который подтвердил наличие мутации P347L у двух членов из выше описанной семьи и не выявил изменений у других больных (рис. 2).

Установлено, что последние 5 аминокислот в молекуле родопсина (позиции 354-358) необходимы для правильной сортировки и транспорта RHO от комплекса Гольджи к дискам наружных сегментов фоторецепторов (Green E.S. et al., 2000). Нарушение этих процессов ведет к быстрой дегенерации фоторецепторов, поэтому пациенты с мутациями в С-концевой части родопсина (мутация P347L) имеют более быстрые темпы прогрессирования заболевания, чем пациенты с мутациями, поражающими другие участки молекулы RHO (Berson E.L. et al. 2002).

1 2 3


Рисунок 2. Электорофореграмма рестрикционного анализа и фрагмент сиквенса 5 экзона гена RHO: дорожки 1,2 – образцы с мутацией P347L в гетерозиготном состоянии, дорожка 3 – образец без изменения нуклеотидной последовательности.

Другая мутация – R252P гена RHO в литературе не описана. Она выявлена у трех членов одной семьи татарской этнической принадлежности с диагнозом ТРА, смешанная форма (рис. 3).


а) б)

Рисунок 3. Фрагмент сиквенса 4 экзона гена RHO. Нуклеотидная последовательность образца с мутацией R252P в гетерозиготном состоянии: а) секвенирование с прямым праймером, б) секвенирование с обратным праймером.


Так как кодон 252 входит в участок связывания G-белка – трансдуцина (кодоны 231-252), изменение аминокислотного состава в этом участке: замена основной кислоты аргинина на нейтральную гидрофобную кислоту пролин, может изменять свойства белковой молекулы, влиять на присоединение трансдуцина и дальнейшую активацию ферментного каскада.

Кроме двух мутаций, в гене RHO обнаружено два изменения нуклеотидной последовательности в интронных областях: IVS1+10g>a в 1 интроне и IVS3+4c>t в 3 интроне. Изменение IVS1+10g>a ранее в литературе не описано. Оно выявлено в гетерозиготном состоянии у одной больной русской этнической принадлежности с диагнозом ТРА, периферическая форма. В группе контроля данное изменение не обнаружено. Другое изменение нуклеотидной последовательности IVS3+4c>t гена RHO, выявленное при SSCP-анализе ведет к потере одного из сайтов рестрикции для эндонуклеазы RsaI. Для дальнейшего анализа данного изменения был использован ПДРФ-анализ (рис. 4). С помощью программы Splice Prediction using Consensus Sequences (WebGene) было установлено, что шесть первых нуклеотидов 3-го интрона образуют один из сайтов сплайсинга гена RHO. Учитывая вышеизложенное, можно предположить участие IVS3+4c>t в патогенезе ТРА, одним из механизмов которого может быть нарушение процессов сплайсинга.


208 п.н.

166 п.н. 166 п.н.

Генотип *C/*C Генотип *C/*T

52 п.н. 52 п.н.

42 п.н. 42 п.н.
1 2 3 4

Рисунок 4. Электорофореграмма ПДРФ-анализа 3 экзона гена RHO: дорожки 1-3 образцы без изменений нуклеотидной последовательности, дорожка 4 – образец с изменением нуклеотидной последовательности IVS3+4c>t в гетерозиготном состоянии.


Частота данного изменения нуклеотидной последовательности IVS3+4c>t у больных составила 0,34±0,03, что достоверно выше, чем у здоровых индивидов 0,06±0,01 (χ2=63,4; р=0,0005) (табл. 1).
Таблица 1

Распределение частот аллелей и генотипов изменения нуклеотидной последовательности IVS3+4c>t гена RHO у больных с ТРА и в контрольной выборке из РБ



Генотип

Аллель

Больные с ТРА

(N =123)

Контрольная выборка

(N = 133)

Абс.

значение

Относ. частота

Стандарт. ошибка (Sp)

Абс. значение

Относ. частота

Cтандарт. ошибка (Sp)

*C/*C

40

0,33

±0,042

118

0,89

±0,027

*C/*T

83

0,67

±0,042

15

0,11

±0,027

*T/*T

0

0



0

0



Всего (N)

123

1




133

1




χ2 = 83,07 (df=1, р = 0,0005)

*C

163

0,66

±0,03

251

0,94

±0,014

*T

83

0,34

±0,03

15

0,06

±0,014

Всего (n)

246

1




266

1




χ2 = 63,4 (df=1, р = 0,0005)

Также было проанализировано распределение частот аллелей и генотипов изменения IVS3+4c>t гена RHO в трех основных этнических группах РБ (русских, татар и башкир). Частота IVS3+4c>t в этих этнических группах соответствует значению, полученному при анализе частоты этого изменения у здоровых индивидов из контрольной группы, и составляет, в среднем, 0,06. Изменение нуклеотидной последовательности IVS3+4c>t гена RHO в гомозиготном состоянии ни в группе больных ТРА, ни в группе контроля, выявлено не было.




  1. Поиск мутаций в гене трансретинальацетилазы RPE65 у больных с тапеторетинальной абиотрофией из Республики Башкортостан

При скрининге мутаций в кодирующих областях, сайтах сплайсинга и прилегающих интронных областях гена RPE65 (14 экзонов) методом SSCP-анализа были обнаружены мутации R91W и 927delC, полиморфизм 1056G>A. Мутация R91W, в гомозиготном состоянии вызывающая развитие амавроза Лебера, была обнаружена также в гомозиготном состоянии у пациентки с диагнозом амавроз Лебера. Мать больной являлась гетерозиготным носителем этой мутации и не имела никаких признаков глазной патологии (рис. 5).


а) б)

Рисунок 5. Фрагмент сиквенса 4 экзона гена RPE65: а) нуклеотидная последовательность образца с мутацией R91W в гомозиготном состоянии; б) нуклеотидная последовательность образца с мутацией R91W в гетерозиготном состоянии.


Мутация 927delС, не описанная ранее в литературе, была выявлена в гетерозиготном состоянии в сочетании с мутацией R252P гена RHO у 3 пациентов с ТРА татарской этнической принадлежности из одной семьи (рис. 6). У всех 3 пациентов из одной семьи, несущих эти мутации наблюдается клиническая картина ТРА, смешанная форма. Манифестация заболевания произошла во второй декаде жизни в виде прогрессирующего нарушения сумеречного зрения, с течением времени наблюдалось нарастающее сужение полей зрения по периферии, глазное дно характеризовалось отложением «костных телец» по периферии сетчатки и крапчатостью в области макулы, отмечалось снижение остроты зрения и показателей электроретинографии.

Сделать какое-либо предположение о функциональной роли сочетания этих мутаций в двух разных генах пока достаточно трудно. Обе мутации выявлены в гетерозиготном состоянии. Мутация 927delC в гене RPE65 ведет к преждевременной терминации синтеза белка в результате образования стоп-кодона в 9 экзоне (всего 14 экзонов). Мутация R252P в гене RHO может также участвовать в патогенезе ТРА путем влияния на активацию ферментного каскада вследствие нарушения связывания белка трансдуцина. Следовательно, развитие ТРА у данных больных может быть результатом как отдельного проявления одной из мутации, так и следствием их совместного влияния. В литературе уже описаны случаи дигенного варианта ТРА (Loewen, C. J. R. et al., 2001). Необходимо дальнейшее изучение механизмов, с помощью которых эти мутации могут приводить к развитию ТРА на животных моделях.



1

6



4

3

2

5

?

?

R252P в гене RHO 927delС в гене RPE65

Рисунок 6. Родословная семьи больных ТРА из РБ с указанием двух новых мутаций, выявленных у трех членов этой семьи: 5 - пробанд, несущий в гетерозиготном состоянии две новые мутации: R252P в гене RHO и 927delC в гене RPE65; 6 и 3 – сестра и отец пробанда, которые также являются носителями двух новых мутаций: R252P в гене RHO и 927delC в гене RPE6; 4 - мать пробанда, у которой отсутствуют данные мутации.
Нейтральный полиморфизм 1056G>A, выявленный при исследовании гена RPE65, встречается с частотой 0,04±0,01 на хромосомах здоровых индивидов из группы контроля и с частотой 0,03±0,01 на хромосомах больных с ТРА (χ2=0,58; р=0,45).


  1. Поиск мутаций в гене периферина (RDS/PRPH2) у больных с тапеторетинальной абиотрофией из Республики Башкортостан

Анализ кодирующих областей, сайтов сплайсинга и прилегающих интронных областей гена периферина (3 экзона) выявил 6 полиморфных вариантов. Два из них, 318T>C и 1426G>A 3’-UTR, не являются патогенетически значимыми. Полиморфизм 318T>C не приводит к изменению аминокислотной последовательности белка (V106V), частота аллеля *C полиморфизма 318T>C в группе больных ТРА и в группе контроля из РБ составила 0,26±0,028 и 0,33±0,029, соответственно (χ2=2,39; р=0,12). Полиморфизм 1426G-A 3’-UTR находится в некодирующей части 3 экзона гена RDS, его частота в группе больных ТРА - 0,23±0,027, в группе контроля - 0,27±0,027 (χ2=1,02; р=0,31). Четыре полиморфных варианта в позициях 910C>G(Q304E), 929G>A(R310K), 1013A>G(D338G) и 1054C>T 3-го экзона гена RDS/PRPH2 (рис. 7), по данным литературы, могут образовывать различные группы сцепления или минигаплотипы, 4 из которых были установлены ранее: *G910*A929*G1013*C1054 (аллель I), *C910*A929*A1013*C1054 (аллель II), *C910*G929*A1013*C1054 (аллель III) и *G910*A929*G1013*T1054 (аллель IV) (Telmer C.A. et al., 2003).


889 GAG GAA TCT GAG AGC GAG AGC CAG GGC TGG CTG CTG GAG

297 Glu Glu Ser Glu Ser Glu Ser Gln Gly Trp Leu Leu Glu
AGG AGC GTG CCG GAG ACC TGG AAG GCC TTT CTG GAG AGT GTG

Arg Ser Val Pro Glu Thr Trp Lys Ala Phe Leu Glu Ser Val
AAG AAG CTG GGC AAG GGC AAC CAG GTG GAA GCC GAG GGC GCA

Lys Lys Leu Gly Lys Gly Asn Gln Val Glu Ala Glu Gly Ala
GAC GCA GGC CAG GCC CCA GAG GCT GGC TGA GGGCCCTGGGGCCC…

Asp Ala Gly Gln Ala Pro Glu Ala Gly END
Рисунок 7. Идентификация 4-х полиморфных вариантов 3-го экзона гена RDS/PRPH2.
При обследовании больных ТРА и группы контроля из РБ кроме четырех известных, был выявлен 5-й минигаплотип *C910*A929*A1013*T1054 (аллель V) в группе больных ТРА. Сочетания 5-ти минигаплотипов образуют 7 вариантов генотипов в группе больных ТРА и в группе здоровых индивидов из РБ (табл. 2).

Таблица 2



Генотипы 3 экзона гена RDS, выявленные у больных с ТРА и в группе контроля из Республики Башкортостан

генотипа


910C>G

(Q304E)

929G>A

(R310K)

1013A>G

(D338G)

1054C>T

Минигаплотипы

(аллели)


Больные с ТРА (N=123)

Контрольная выборка (N=133)

χ2, df=1

p

Абс. значение

Относ. частота (±Sp)

Абс. значение

Относ. Частота (±Sp)

1

G/G

A/A

G/G

C/C

I, I

0

0

4

0,03±0,14





2

C/C

A/A

A/A

C/C

II, II

4

0,03±0,015

0

0





3

C/C

G/G

A/A

C/C

III, III

13

0,11±0,028

21

0,16±0,03

1,1

0,296

4

G/G

A/A

G/G

T/T

IV, IV

76

0,62±0,04

59

0,44±0,04

7,1

0,008

5

C/G

G/A

A/G

C/T

III, IV

8

0,06±0,02

49

0,37±0,04

32,25

0,0005

6

C/C

A/A

A/A

C/T

II, V

9

0,07±0,023

0

0





7

C/G

A/A

A/G

C/T

II, IV

13

0,11±0,028

0

0




Наиболее частыми генотипами, как в группе больных, так и в группе контроля из РБ являются генотипы 4 (*G/*G910 *A/*A929 *G/G1013 *T/*T1054) и 5 (*C/*G910 *G/*A929 *A/*G1013 *C/*T1054). Частота 4 генотипа составляет 0,62 в группе больных ТРА и 0,44 в группе контроля (χ2=7,1, p=0,008). Генотип 5 встречается достоверно чаще в группе контроля 0,37, по сравнению с группой больных ТРА 0,06 (χ2=32,25, p=0,0005). Три генотипа: *C/*C910 *A/*A929 *A/*A1013 *C/*C1054 (2), *C/*C910 *A/*A929 *A/*A1013 *C/*T1054 (6) и *C/*G910 *A/*A929 *A/*G1013 *C/*T1054 (7) не встречаются в группе контроля. Второй, шестой и, возможно, седьмой генотипы содержат минигаплотип II - *C910*A929*A1013*C1054, описанный в 2003 году (Telmer C.A. et al., 2003). Есть данные о сцеплении минигаплотипа II с мутацией сайта сплайсинга 2-го интрона гена RDS IVS2+3a>t (Telmer C.A. et al., 2003). При секвенировании 2-го интрона гена RDS всех образцов ДНК больных, предположительно содержащих минигаплотип II, никаких изменений нуклеотидной последовательности в этой области выявлено не было.


5. Разработка формализованной карты обследования

больных с ТРА и создание автоматизированного регистра «Тапеторетинальная абиотрофия» в Республике Башкортостан
При проведении анализа состояния здоровья населения, планирования необходимой медико-социальной помощи и медико-генетического консультирования требуется учитывать множество разнообразных данных. Для систематизации и стандартизации этой информации необходима разработка типовой медицинской документации. Нами была составлена формализованная карта (ФК) обследования пациентов с ТРА, которая послужила основой для последующей разработки автоматизированного регистра «Тапеторетинальная абиотрофия». ФК состоит из пяти частей: паспортной, генеалогической, анамнестической, клинической и лабораторно-инструментальной, каждая из которых делится на разделы и подразделы. ФК заполняется врачом-офтальмологом и врачом-генетиком на основе информации, полученной непосредственно от пациента, его родственников и данных медицинской документации. ФК может быть использована и для первичной диагностики ТРА, и для дифференциального диагноза, так как разработана на основе общепринятых диагностических критериев ТРА. В процессе наблюдения за пациентами возможно изменение и пополнение данных в соответствии с новыми сведениями. ФК удобна для обследования пациентов на дому и во время выездов в районы по их месту жительства. Однако обследование больных с наследственными заболеваниями имеет свои специфические особенности. Врачу приходится иметь дело с большим объемом информации, так как необходимо обследовать не только больных, но по возможности и большинство их родственников. Так же требуется анализ заболевания по многочисленным разнообразным показателям, динамическое наблюдение за пациентами и проведение повторных обследований, составление отчетов для ЛПУ. Поэтому актуальным является разработка автоматизированного регистра, позволяющего хранить и анализировать большое количество информации. На основе ФК нами разработан и внедряется в действие на базе ГУ Уфимского научно-исследовательского института глазных болезней АНРБ автоматизированный регистр «Тапеторетинальная абиотрофия».

Основными функциями регистра являются:



  1. формирование базы данных, электронное ведение документации о больных с ТРА;

  2. оценка динамики состояния каждого больного и обследуемой группы в целом;

  3. формирование выборки больных по ряду критериев;

  4. оптимизация диспансерного наблюдения больных с ТРА;

  5. формирование отчетной документации (консультативных заключений, эпикризов, результатов эпидемиологического анализа);

  6. статистический анализ данных для клинических, эпидемиологических и научных целей;

  7. эпидемиологический мониторинг ТРА в Республике Башкортостан.

Использование регистра упрощает работу врача-офтальмолога по выборке, сортировке и анализу данных, как для каждого пациента в отдельности, так и для определенной группы больных. Создание подобных регистров и объединение их в сеть сделают возможным:

  • наблюдение за больными с ТРА, а также за их родственниками, являющимися потенциальными носителями патологических изменений в генах, с оценкой эффективности организации диспансерного наблюдения (на территориальном уровне обслуживания больных и консультирующихся по прогнозу потомства);

  • оценку основных параметров, характеризующих состояние медико-генетической помощи;

  • представление данных о распространенности ТРА в регионе и эффективности работы территориальной медико-генетической службы для внутреннего анализа и выработки собственных управленческих решений;

  • получение достоверных данных для принятия решений по совершенствованию специализированной медико-генетической помощи больным ТРА и их семьям;

  • обмен информацией между регионами;

  • получать данные для масштабных клинико-эпидемиологических исследований.


Выводы


  1. Распространенность тапеторетинальной абиотрофии в Республике Башкортостан составляет 21 на 105 населения, что сопоставимо с уровнем распространенности ТРА в странах Европы.

  2. Скрининг 5 экзонов гена родопсина (RHO) у больных с ТРА из Республики Башкортостан выявил 2 мутации: R252P и P347L в отдельных семьях. Мутация R252P описана впервые.

  3. Выявлены статистически значимые различия в характере распределения частот аллелей и генотипов варианта IVS3+4c>t гена RHO у больных с ТРА и в контрольной группе здоровых индивидов из Республики Башкортостан.

  4. Анализ 14 экзонов гена трансретинальацетилазы (RPE65) у больных с ТРА из Республики Башкортостан выявил 2 мутации: R91W и 927delC в отдельных семьях. Мутация del927C описана впервые.

  5. Установлены статистически значимые различия в характере распределения частот генотипов по полиморфным локусам 910C>G(Q304E), 929G>A(R310K), 1013A>G(D338G) и 1054C>T гена RDS у больных ТРА и в контрольной группе здоровых индивидов из Республики Башкортостан.

  6. Разработан автоматизированный регистр «Тапеторетинальная абиотрофия» в Республике Башкортостан, который позволяет хранить и анализировать данные о больных ТРА и их семьях, проводить мониторинг заболевания в республике.


Список работ, опубликованных по теме диссертации

  1. Grinberg E.R., Dzhemileva L.U., Khusnutdinova E.K. Mutation analysisof the RPE65 gene in patients with nonsyndromic retinitis pigmentosa from Bashkortostan // European Journal of Human Genetics - European Human Genetics Conference (ESHG). – Prague, 2005. - P.237.

  2. Гринберг Э.Р., Джемилева Л.У., Хуснутдинова Э.К. Молекулярно-генетический анализ гена RPE65 у больных с пигментным ретинитом из Башкортостана // Медицинская генетика 2005 (часть I). Тезисы докладов V съезда Российского общества медицинских генетиков – Уфа, 2005. - №4. с. 175-176.

  3. Гринберг Э.Р., Джемилева Л.У., Хуснутдинова Э.К. Изучение гена RPE65 у больных с пигментным ретинитом // Тезисы докладов Всероссийской научно-практической конференции «Вопросы офтальмогенетики» – Москва, 2005. – С.44-48.

  4. Гринберг Э.Р., Джемилева Л.У., Хуснутдинова Э.К. Скрининг мутаций в гене RPE65 у больных с пигментным ретинитом из Башкортостана // Сборник трудов Международной научно-практической конференции «Биологические науки в XXI веке. Проблемы и тенденции развития» – Бирск, 2005. – С.7-11.

  5. Гринберг Э.Р., Джемилева Л.У., Хуснутдинова Э.К. Молекулярно-генетический анализ тапеторетинальной абиотрофии сетчатки // Тезисы докладов 10-й Пущинской школы-конференции молодых ученых – Пущино, 2006. – С.10-11.

  6. Grinberg E. R., Dzhemileva L. U., Khusnutdinova E. K. Mutation analysis of RHO gene in patients with nonsyndromic retinitis pigmentosa from Bashkortostan // European Journal of Human Genetics - European Human Genetics Conference (ESHG). – Amsterdam, 2006. - P.274.

  7. Гринберг Э.Р., Джемилева Л.У. Изучение генов RPE65 и RHO у больных с тапеторетинальной абиотрофией сетчатки // Тезисы докладов Девятой Всероссийской медико-биологической конференции молодых исследователей – Санкт-Петербург, 2006. – С.79-80.

  8. Гринберг Э.Р., Джемилева Л.У., Хуснутдинова Э.К. Молекулярно-генетический анализ тапеторетинальной абиотрофии сетчатки в Башкортостане // Материалы Международной Конференции «Генетика в России и мире», посвященной 40-летию Института общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН – Москва, 2006. – С.55.

  9. Grinberg E. R., Dzhemileva L. U., Khusnutdinova E. K. Analysis of RHO gene mutations in Patients with RP // 7th Balkan Meeting of Human Genetics – Skopje, 2006. - P. 40.

  10. Grinberg E. R., Dzhemileva L. U., Khusnutdinova E. K. Mutation analysis of RHO gene and novel mutation Arg252Pro (755G->C) in patients with nonsyndromic retinitis pigmentosa from Bashkortostan // European association for Vision and Eye Research (EVER) – Vilamoura, 2006. - P. 116.

  11. Джемилева Л.У., Гринберг Э.Р., Хабибуллин Р.М., Хуснутдинова Э.К. Гены белков-коннексинов, принимающие участие в процессе звуковосприятия. \\ Вестник оториноларингологии. – 2006. – №4. – С.15-20.

  12. Гринберг Э.Р., Джемилева Л.У., Хуснутдинова Э.К. Новая мутация R252P гена RHO у больных пигментным ретинитом из Башкортостана // Молекулярная биология. –2007. – №3. – С.33-35.

  13. Джемилева Л.У., Гринберг Э.Р., Тазетдинов А.М., Зайдуллин И.С., Бикбов М.М., Мусина В.В., Хуснутдинова Э.К. Молекулярные основы дегенеративных процессов в сетчатке при тапеторетинальной абиотрофии сетчатки // Молекулярная биология. – 2007. – №6. – С.7-14.





База данных защищена авторским правом ©bezogr.ru 2016
обратиться к администрации

    Главная страница