Анализ генома и протеома бактерии Bacillus clausii (lentus), штамм ksm-k16



Дата06.05.2016
Размер42.3 Kb.

Анализ генома и протеома бактерии Bacillus clausii (lentus), штамм KSM-K16.

Далина Александра, студентка 1 курса, группа П1.

Введение



Латинское название: Bacillus clausii, штамм KSM-K16.
Таксономия:

  • Царство Bacteria

  • Тип Firmicutes

  • Отряд Bacillales

  • Семейство Bacillaceae

  • Род Bacillus

  • Вид Bacillus clausii (lentus)

  • Штамм KSM-K16


Вид бактерии под микроскопом см. в файле b_clausii.jpg [6]. Размеры бактерии: ширина 1 µm, длина 5-10 µm [6].
Бактерия широко распространена в природе, обитает в кишечнике человека. Бактерии этого вида могут жить на сильнощелочных средах за счет наличия в протеоме специальных протеаз [3]. А также B.clausii является частью непатогенной микрофлоры кишечника человека [7]. Назначение пробиотиков на основе Bacillus clausii существенно уменьшают частоту «кишечных» побочных эффектов, возникающих после терапии  антибиотиками [2].

Но она еще и полезна человеку, во-первых, в связи с использованием ее в медицине в качестве пробиотика.


С помощью следующего запроса я нашла несколько статей, в которых есть что-то про среду обитания бактерии: (B. clausii[TIAB] OR Bacillus clausii[TIAB.

Во многих статьях магические слова «пробиотические свойства» и «кишечник» косвенно указывают на то, что бактерия живет в кишечнике позвоночных животных и человека. Слово «habitat» оказалось ненужным, база данных ничего не нашла.


Геном бактерии B.clausii секвенирован для того, чтобы она приносила только пользу: дальнейшего использования в медицине ее и ее белков и получения из этого дальнейшей коммерческой выгоды [].

Бактерия аэробная, грамм-положительная, как и большинство Bacilli [6]. А еще, видимо, в промоторе, одного из генов этой бактерии обнаружен двойной РНК-регулятор [8].




Геном и протеом B.clausii



Статистические данные о геноме – в таблице 1 [4].
Таблица 1: Статистические данные о геноме B.clausii

Хромосома или плазмида

Число пар нуклеотидов

Число генов

Сумм. длина генов (% длины)

Сумм. длина межгенных пром. (%)

GC состав (%)

хромосома

4303871

4096

86%

14%

44,8

По данным с сайта http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html, число белков протеома B.clausii совпадает с числом генов.


Самый большой белок состоит из 2870 а. о., тогда как самый маленький – из 26 а. о. (см. файл B_clausii_chr_table.xls). Наиболее часто встречаются белки из 118–482 а.о.


Таблица 2: Распределение протеома B.clausii по категориям на основании размера (число а. о.)

Категория

Критерий

% белков протеома

Маленькие

< 118 а. о.

11%

Средние

118-750

76%

Большие

750-1000

12,5%

Очень большие

> 1000

0,5%

Мой белок TRXB_ECOLI (первый проект первого семестра) относится к белкам среднего размера (320 a.o.).




Литература




    1. http://www.rusmedserv.com/mycology/html/kandidoz14.htm

    2. http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+[TAXONOMY:66692]+-newId и http://www.ebi.ac.uk/2can/genomes/bacteria/Bacillus_clausii.html

    3. http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.htm

    4. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=91903

    5. http://www-micro.msb.le.ac.uk/video/Bacillus.html

    6. http://www.russianitaly.com/forum/viewtopic.php?p=783392&sid=90044d2f194f7c63ce6a04b824915569. Где-то там на форуме, как показал мне Google, должна быть следующая фраза: «Помимо неё в кишечнике живут также другие bacilli: Lattobacilli, Bacillus clausii, Enterobacters (Proteus per es.), Klebsiella, Salmonella, Shigella ...»

    7. http://elementy.ru/news/430362


База данных защищена авторским правом ©bezogr.ru 2016
обратиться к администрации

    Главная страница